Fort de 300 personnels répartis au sein de 18 unités, renforcés par 150 réservistes, le Groupement de gendarmerie maritime de la Méditerranée exerce son action dans trois grands domaines principaux :

- l’action de l’État en mer, qui couvre la protection des gens de mer, la préservation des ressources naturelles et de l’environnement, l’ordre public en mer ainsi que la lutte contre les trafics et la criminalité organisée utilisant les voies maritimes ;
- la sûreté maritime et portuaire ;
- la défense et la protection des installations militaires sensibles et la prévôté.

« Pour remplir nos missions, nous disposons d’un large panel de métiers, de l’électricien au mécanicien de bord, en passant par le maître de chien, le plongeur, le chef de quart, l’enquêteur spécialisé en environnement ou encore l’expert en sûreté portuaire … tous enquêteurs, explique le colonel Emmanuel Bougon, commandant du Groupement de la gendarmerie maritime de la Méditerranée. Nous sommes dotés d’une compétence judiciaire. À ce titre, nous intervenons en qualité d’experts dans le cadre des enquêtes liées à la Marine nationale et au milieu maritime. »

Outre le patrouilleur « Jonquille », le Groupement de gendarmerie maritime de la Méditerranée compte sept vedettes côtières de surveillance maritime.
Il est notamment composé d’un centre d’opérations et de renseignement, d’une brigade de recherches de gendarmerie maritime (Marseille), d’une brigade de renseignements et d’investigations judiciaires, ainsi que de deux compagnies maritimes (Marseille et Toulon), auxquelles sont rattachés trois Pelotons de sûreté maritime et portuaire (PSMP), trois Brigades de surveillance du littoral (BSL), dont une en région Occitanie, et neuf brigades de gendarmerie maritime, dont deux sont implantées sur des emprises militaires (base navale de Toulon et base d’aéronautique navale de Hyères), avec pour mission spécifique de participer à la défense et à la sécurité des bases de la Marine nationale.