Sept bureaux d’administration et de soutien participent au bon fonctionnement quotidien du PJGN. Ils sont chargés de synthétiser l’information, d’aider à la décision, d’organiser ou encore de planifier :

• une Section commandement en charge d’assurer le bon fonctionnement du secrétariat du cabinet
• une Section du pilotage et contrôle de la qualité (SPCQ) en charge de l'accréditation des Cellules d'identification criminelle et numérique départementales (CICN) ;
• un Contrôle de gestion en charge de la maîtrise de la conduite raisonnable du PJGN, il prévoie les événements et en s’adaptant aux évolutions, en définissant les objectifs, en mettant en place les moyens, en comparant les performances passées et futures ;
• un Bureau communication (Bcom), interface unique de la communication interne et externe du Pôle Judiciaire, il diffuse les informations du PJGN, à l'interne et à l'externe, crée les différentes publications et supports de communication (infographie, vidéo, reportage photo...), organise les événements, assure les relations médias et accueille le public.
• un Bureau appui opérationnel (BAO) en charge de répondre aux exigences du contrat opérationnel du PJGN sur le plan du soutien, notamment par l’élaboration de procédures innovantes (section budget, finances, équipements) ainsi que par l’acquisition et la mise en œuvre de matériels spécifiques ou sensibles (section déplacements droits individuels, section matériels). Le bureau est également en charge du maintien en conditions des infrastructures ;
• un Bureau des systèmes d’information d’investigation (BSII) qui assure la maintenance du parc informatique ;
• un Bureau de ressources humaines (BRH) en charge d’analyser et traiter tous les dossiers administratifs, en étroite relation avec les organismes concernés. Il constitue l’interface privilégiée avec l’ensemble du personnel du Pôle judiciaire, aussi bien civil que militaire, pour toutes les démarches individuelles relatives aux ressources humaines.