Structure interministérielle créée par le décret n°2004-612 du 24 juin 2004, l'office est un service de police judiciaire à compétence nationale dont la mission est de lutter contre les atteintes à l'environnement et à la santé publique.
Pour remplir ces missions, l'office dispose de soixante-quatre gendarmes et policiers, appuyés par quatre conseillers techniques issus des ministères des sports, de la santé, de l'environnement et de l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS).
L'ensemble de ces personnels est réparti entre une cellule de commandement, une division investigations et une division appui.
Elle est constituée du chef de l'office, de ses deux adjoints, de quatre conseillers techniques et d'un officier en charge des affaires européennes et de la coopération internationale.
Elle regroupe les personnels en charge de l'animation, la coordination et la conduite des enquêtes judiciaires. Elle s'articule autour des groupes « environnement » et « santé publique ».
Le groupe environnement traite des questions liées à l'amiante, aux pollutions des milieux physiques, aux trafics illicites de déchets et de produits phytopharmaceutiques ainsi qu'à la protection de la faune et de la flore (trafic d'espèces protégées ou réglementées).
Il peut par ailleurs participer ponctuellement, aux côtés des enquêteurs du commandement de la gendarmerie des voies navigables (CGVN) et de la cellule nationale nucléaire radiologique biologique et chimique (C2NRBC), à des contrôles de containers organisés au sein des zones portuaires.
Le groupe santé publique s'intéresse aux déviances médicales ou paramédicales (exercice illégal des professions de santé, infractions concernant les produits dérivés du corps humain, trafics de produits de santé).
Il enquête également dans le domaine de la sécurité sanitaire et/ou alimentaire (marchandises falsifiées, consommations humaine et animale, bioterrorisme) et participe activement à la lutte contre le dopage. Sur les affaires les plus importantes, les enquêteurs ont la capacité de se projeter sur l'ensemble du territoire national ainsi qu'outre-mer.
Elle a pour mission de collecter et d'analyser le renseignement opérationnel et stratégique. Elle conseille les forces du ministère de l'Intérieur ainsi que certains services de ministères partenaires. Enfin, elle anime des actions de formation et les relations institutionnelles avec les acteurs étrangers.
Elle comprend les groupes Relations Internationales, Appui et Évaluation, et Documentation, Analyse et Formation.
Le groupe relations internationales relaie, au niveau européen et international, l'action de l'office en étroite collaboration avec les services concernés de la Direction de la Coopération Internationale (DCI) et de la Direction Centrale de la Police Judiciaire (DCPJ).
Positionné en tant que référent français auprès des institutions et services répressifs étrangers, il est l'extension du Bureau Central National France (Interpol) pour son domaine de compétence et correspondant d'Europol et d'Eurojust. Il est membre de divers réseaux et groupes de travail.
Le groupe appui et évaluation (GAE) armé notamment d'enquêteurs spécialisés en analyse criminelle, délinquance financière et nouvelles technologies, conduit les volets techniques des principales enquêtes judiciaires de l'unité afin de répondre à deux nécessités opérationnelles :
- la prise en compte systématique du volet financier visant in fine à saisir les avoirs criminels.
- la mise en œuvre de l'enquête sous pseudonyme afin de lutter contre une cybercriminalité grandissante.
Le GAE est également le point d'entrée unique de l'office s'agissant des sollicitations des magistrats ou unités et services et participe, avec la division investigations et le conseiller technique compétent, à l'évaluation des dossiers proposés à l'office.
Le groupe documentation, analyse et formation conduit les analyses stratégiques. Il suit l'évolution des législations nationale, européenne et internationale et tient à jour le fond documentaire de l'unité. Il anime le renseignement criminel et partage son exploitation avec le réseau des Enquêteurs atteintes à l'environnement et à la santé publique (400 EAESP répartis sur le territoire national).