L'équipe de direction se compose d'un général (2S) assisté d'un directeur adjoint du grade de colonel.
Sur le plan organique, le CREOGN est organisé autour de quatre départements :
- un département "Stratégie Recherche" placé sous l'autorité d'un officier supérieur de gendarmerie. Il a pour mission d'animer les activités de recherche, en fonction des orientations stratégiques données par la DGGN. Une veille stratégique, une revue, des missions de recherche et l'organisation de colloques forment l'essentiel de son activité ;
- un département "Documentation" placé sous la direction d'un personnel civil. Il gère, approvisionne, répertorie et catalogue le fonds documentaire que détient le Centre. Il est chargé de mettre en application la politique d'acquisition définie par le directeur du Centre en accord avec les missions données par le commandant de l'École des Officiers de la Gendarmerie Nationale (EOGN) et le cabinet du Directeur Général de la gendarmerie ;
- un département "Prospective et publications" placé sous la direction d'un officier supérieur de gendarmerie. Il a la charge de l'organisation de toutes les manifestations réalisées par le centre de recherche (colloques, séminaires, ateliers de recherche, petit-déjeuners débats) ainsi que des publications du Centre ;
- un département des "Partenariats académiques sécurité-défense" ;
- un secrétariat complète l'ensemble du dispositif.Sur le plan fonctionnel, l'activité du CREOGN s'articule autour de 4 pôles d'activités :
- « Études juridiques »
- « Technologies et sciences du vivant »
- « Appropriation du territoire »
- « Faits sociaux, histoire contemporaine »